Cuando se realiza la búsqueda de un nombre de dominio o empresa importante como El Pais, se puede apreciar que en primer resultado mostrado son los sitelinks, pero en algunos casos también se muestra el mismo dominio en segundo resultado, tal y como se muestra en la imagen siguiente:

En principio, esto se pudo considerar esto como un error en el algoritmo de búsqueda, pero según confirma Matt, este es un procedimiento intencional, el objetivo de mostrar este segundo resultado, es que los usuarios que pasa por alto el sitelinks vallan a la página que debería ser visitada.

Con esto Google está ayudando a los dueños de portales que tienen marcas importantes, lo cual lo considero muy positivo, según mi experiencia, creo que el factor utilizado para determinar que página toma la segunda posición es el factor de enlaces entrantes recientes, es decir, la página que más enlaces ha recibido según las últimas actualizaciones de los datacenters.